Fue la infanta Sancha Raimúndez, hermana de Alfonso VII de León, la que fundó el monasterio en el año 1128. Su objetivo no era otro que introducir la orden del Cister en el reino y, por eso, es considerado como la fundación más antigua de la rama femenina de esta orden. Y esa es la razón por la que sus primeras moradoras fueran religiosas francesas.

De aquella construcción, de estilo mudéjar, la iglesia es una de las zonas mejor conservadas. En ella se puede apreciar la nave primitiva del siglo XII, con su sencilla bóveda, su friso que alude al Espíritu Santo y un conjunto de yeserías barrocas del siglo XVII. La puerta de entrada, aunque de nueva obra, respeta la ubicación original y sus arquivoltas planas con ladrillos hechos a mano, siguiendo la técnica de los mudéjares de la época.

El claustro, por su parte, se ha convertido en una actual zona de piscinas de agua termal mineromedicinal y sus antiguas columnas de granito sostienen el "Patio Porticado" de la cafetería.

En 1950, la congregación del convento se adscribió a la rama trapense, dentro de la orden cisterciense, y pasó a depender del Monasterio de San Isidro de Dueñas al menos hasta 1956, cuando la comunidad se traslada al Monasterio de Nuestra Señora de Alconada, en la provincia de Salamanca.

En 2005, Castilla Termal levantó sobre el antiguo convento, aprovechando estas zonas conservadas, este complejo termal de cuatro estrellas compuesto por tres edificios que combinan la singularidad de la arquitectura mudéjar con dos modernas edificaciones totalmente integradas.